Krzyżowanie polega na połączeniu niektórych (wybierane losowo) genotypów do wnętrza jeden. Kojarzenie ma sprawić, iż latorośl dwóch osobników rodzicielskich ma zestaw cech, jaki jest kombinacją ich gildia (może się zdarzyć, iż tych najlepszych).
Sposób krzyżowania jest podporządkowany odkąd kodowania chromosomów oraz specyfiki problemu. Jednak jest dozwolone obliczyć nieco standardowych metod krzyżowania: